Declarada Monumento Histórico en 1931.
No ha llegado hasta nosotros ningún vestigio arqueológico de la primera iglesia mencionada en el siglo XII en el cartucho de la catedral de Bayona. Sin embargo, el edificio ha conservado una importante secuencia medieval caracterizada por sus bahías geminadas y sus aspilleras-cañoneras. Ampliada y elevada en el siglo XVII para acoger a todos los fieles de la ciudad marítima en auge, la iglesia Saint-Jean-Baptiste es un testigo imprescindible de la arquitectura religiosa labortina, moldeada por la Contrarreforma. Su nave única estructurada por sus cuatro plantas de galerías y su tribuna de órgano guían las miradas hasta su coro donde irradia un monumental retablo barroco fechado en 1669. Animado por veinte estatuas, se presenta como un catecismo en imágenes con sus figuras expresivas y coloridas, así como sus columnas torcidas animadas de viñedos y aves. El 9 de junio de 1660, en una iglesia en plena obra, la boda real de Luis XIV y la Infanta de España dejó su huella en la historia de Saint-Jean-de-luz.