Inscrito como Monumento Histórico en 2013.
Tras los conflictos relacionados con la gestión del puerto, los juicios de brujería de 1609 y ante la presencia de los moriscos y judíos expulsados de España, los frailes Recoletos fueron llamados en 1611 para pacificar las relaciones entre los habitantes. En medio del puerto, en una isla no explotada conectada al puente que comunica las dos ciudades, los hermanos de la orden reformada de los franciscanos establecen su convento a partir de 1613. La elección de la estricta observancia y franciscana y su voto de pobreza se traduce aquí en un conjunto convencional imponente pero sobrio. Sin embargo, el edificio alberga elementos más fastuosos con dos salas decoradas con frescos, un retablo barroco trasladado a la iglesia de Ciboure durante la Revolución o el ingenioso pozo cisterna ofrecido por Mazarino tras la boda de Luis XIV. En 1791, los frailes Recoletos fueron expulsados y el convento se convirtió en cuartel, prisión y almacén de forraje, antes de convertirse en bien nacional a principios del siglo XIX. En 1821, el claustro albergó el servicio de Aduanas y, a partir de 1900, la capilla fue acondicionada como taller de salazón. Tras la salida de las Aduanas en 2007, el convento des Recoletos fue objeto de un estudio de restauración con el fin de crear un centro de interpretación de la arquitectura y del patrimonio.